Священномученик Иоанн родился 1 января 1864 года в селе Желовижи Московской губернии в семье священника Иоанна Сперанского. По окончании Калужской Духовной семинарии он был рукоположен в сан священника и служил в храмах Калужской епархии. За безупречное и ревностное служение отец Иоанн был возведен в сан протоиерея и награжден митрой. Был членом Союза Русского Народа. За самоотверженное служение Церкви и отечеству был награжден орденами. Протоиерей Иоанн пользовался огромным авторитетом среди верующих Калуги, и когда к власти пришли безбожники и началась гражданская война, он был тут же арестован и заключен в тюрьму в качестве заложника. Во время изъятия властями церковных ценностей в 1922 году протоиерей Иоанн был вновь арестован и приговорен к одному году заключения. В 1937 году власти снова арестовали священника.
— Вы арестованы за контрреволюционную деятельность, которую проводили будучи настоятелем церкви Одигитрии… Дайте следствию показания по этому вопросу, — потребовал следователь.
— Контрреволюционной деятельности и агитации я не проводил.
— В каких взаимоотношениях вы находились с архиепископом Августином Беляевым?
— К архиепископу Августину я относился как к носителю высшего священного сана.
Следователи стали спрашивать об архиепископе Августине и требовать подтверждения лжесвидетельств против него, но священник категорически отказался. На одном из последних допросов следователь сказал:
— На предыдущих допросах вы уклонились от дачи правдивых показаний. Следствием достоверно установлено, что вы являетесь участником контрреволюционной монархической организации, состоя в которой, вы проводили работу по обработке верующих граждан в антисоветском духе. Признаете вы это?
— Нет, не признаю. В контрреволюционной организации я не состоял и не знаю о ее существовании…
— Вам зачитываются выдержки из показаний обвиняемых, которые признали себя участниками существующей в городе Калуге контрреволюционной монархической организации и показали, что и вы являетесь ее участником; состоя в ней, вы занимались контрреволюционной деятельностью. Теперь вы признаете себя виновным?
— Вновь заявляю, что я в контрреволюционной церковно-монархической организации не состоял и контрреволюционной деятельностью не занимался. Если мне будут устроены очные ставки, я и на них буду отрицать свою виновность.
19 ноября 1937 года Тройка НКВД приговорила архиепископа Августина (Беляева), архимандрита Иоанникия (Дмитриева), протоиерея Иоанна Сперанского, псаломщиков Алексея Горбачева, Аполлона Бабичева и члена церковного совета Михаила Арефьева к расстрелу, они были расстреляны 23 ноября 1937 года и погребены в общей безвестной могиле.
Причислен к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания.