В миру Смирнов Василий Михайлович, родился в 1829 году в Калужской губернии в семье сельского священника. Начальное религиозно-нравственное образование он получил дома. По ее окончании в 1851 году Василий Смирнов поступил в Киевскую духовную академию. В 1855 году он окончил курс кандидатом богословия и в следующем году назначен инспектором Воронежского духовного училища. В 1860 году архиепископом Воронежским Иосифом (Богословским) пострижен в монашество в Митрофановском Благовещенском монастыре с именем Вениамина и вскоре произведен в иеромонахи. В том же году он был назначен инспектором Черниговской духовной семинарии, в 1864 году – инспектором Псковской духовной семинарии, а в 1866 году ректором вновь учрежденной Донской духовной семинарии в Новочеркасске. Одновременно он был произведен в архимандриты без назначения настоятелем конкретного монастыря. Тринадцать лет служения Вениамина в области Войска Донского были посвящены обустройству духовного учебного заведения.
4 марта 1879 года архимандрит Вениамин хиротонисан во епископа Екатеринбургского, викария Пермской епархии, где и оставался до 5 апреля 1882 года. В 1883 году Вениамин получил место главы епархии – епископа Оренбургского и Уральского. В 1885 году за ревностные труды по благоустройству епархии он награжден орденом святой Анны I степени. В 1886 году принимал активное участие в работе Казанского противораскольнического собора русских епископов.
Высочайшим указом 1 мая 1886 года епископ Вениамин был переведен в Воронеж. Утром 29 мая преосвященный прибыл в Воронеж, где до этого провел без малого четыре года. Тридцать лет спустя он приехал в город, где начиналась его духовно-преподавательская деятельность. 1 апреля 1890 года он был награжден орденом святого равноапостольного князя Владимира IV степени. Здесь он проявил себя как благотворитель, жертвователь, нестяжатель. 6 июня 1887 года освятил новопостроенный храм во имя Успения Пресвятой Богородицы в Дивногорском Успенском монастыре, 24 мая 1888 года освятил храм во имя святого Александра Невского в слободе Алексеевке Бирюченского уезда. По его ходатайству Синод 3 мая 1888 года преобразовал Задонскую Тихоновскую женскую общину в Тихоновский Преображенский монастырь. В 1888 году при активном участии епископа Вениамина проходило празднование 900-летия Крещения Руси. 30 июня 1888 года епископом Вениамином было принято решение о строительстве в честь этого события “храма-памятника” по образцу московского храма Христа Спасителя – Владимирского собора, однако вопрос об отводе конкретного земельного участка при Вениамине окончательного решения не получил.
В 1889 году в Митрофановском монастыре открылась церковноприходская школа, преобразованная потом в двухклассную, в 1892 году для нее было устроено собственное здание.
Активно занимался вопросами просвещения. В июле – августе 1888 года были открыты 6 уездных отделений епархиального училищного совета. При владыке Вениамине было построено большое здание общежития для воспитанников семинарии, впоследствии в нем располагались младшие классы с интернатом Епархиального женского училища. По ходатайству епископа Вениамина Святейший Синод 3 мая 1888 года определил: Задонскую Тихоновскую женскую общину возвести в монастырь с наименованием Свято-Троицким Тихоновским общежительным женским монастырем со странноприимным домом при нем. 19 июня 1888 года преосвященный Вениамин свершил Божественную литургию, знаменовавшую преобразование обители, и возвел Порфирию (Алисову) в сан игуменьи. Святейший Синод 19 мая 1889 года удовлетворил ходатайство епископа Вениамина об учреждении в селе Пятницком Бирюченского уезда Николо-Тихвинской женской общины с приютом для девочек и богадельней для престарелых женщин.
Этот архипастырь отличался редкой добротой и отзывчивостью, вел аскетическую жизнь.
Епископ Воронежский и Задонский Вениамин (Смирнов) умер в Воронеже 7 мая 1890 года, погребен епископом Тамбовским и Шацким Виталием (Иосифовым; †1892) совместно с епископом Острогожским Анатолием (Станкевичем) 9 мая 1890 года в Благовещенском соборе Митрофановского монастыря. Надгробные речи произнесли ректор семинарии протоиерей Алексей Спасский, протоиерей Михаил Некрасов, священник Василий Борисоглебский.
По случаю смерти преосвященного Вениамина епископ Ставропольский Евгений (Шершилов; †1897) в телеграмме так охарактеризовал почившего: “Взят от нас муж редкий в наши дни по своему глубокому сердечному благочестию, по благотворному влиянию на православных и инославных жизнью и словом”.
В августе 1956 года, после разрушения собора и Митрофановского монастыря, прах перезахоронен на городском Коминтерновском кладбище, в 1993 году останки перенесены во вновь созданный некрополь Алексеевского Акатова монастыря.