В миру Митропольский Стефан, родился 27 сентября 1836 года в губернском городе Калуге в семье причетника. В 1858 году окончил Калужскую духовную семинарию, в 1862 году – Московскую духовную академию со степенью кандидата богословия.

29 августа 1861 года, на 3-ем курсе академии, будучи студентом, пострижен в монашество с наречением имени Иоанн.

25 сентября 1861 года рукоположен во иеродиакона, а 21 июня 1862 года – во иеромонаха.

28 сентября утвержден в степени магистра богословия и оставлен преподавателем в Московской духовной академии бакалавром сначала при кафедре Церковной археологии с 30 октября 1862, а затем, через несколько месяцев – по Общей Церковной Истории.

В мае 1864 года определён помощником библиотекаря академии, в сентябре того же года был причислен к соборным иеромонахам Московского Донского монастыря.

В 1865 году определён помощником инспектора академии, с января по июнь 1870 года – исполняющим обязанности инспектора.

27 октября 1868 года возведен в сан архимандрита.

5 июля 1870 года в Александро-Невской Лавре хиротонисан во епископа Алеутского и Аляскинского. В Америке пробыл семь лет, возглавляя миссионерскую деятельность Церкви в Америке.

12 апреля 1877 года назначен членом Московской Синодальной конторы.

26 марта 1881 года назначен настоятелем Симонова монастыря в Москве с сохранением звания члена синодальной конторы.

С 12 августа 1889 года – епископ Аксайский, викарий Донской епархии. В течение 21 года, вел активную богослужебную, научную и общественную деятельность. С 16 сентября 1889 года состоял почетным членом Донского Аксайского Богородичного братства и товарищем председателя Донского комитета Православного миссионерского общества.

С 16 апреля 1891 года председательствовал в епархиальном ревизионном комитете. Церковный историк. Духовный писатель.

19 октября 1895 года утверждён товарищем председателя Донского отдела Императорского Православного Палестинского общества в городе Новочеркасске.

25 ноября 1897 года удостоен звания почетного члена Казанской духовной академии.

19 октября 1902 года присвоено звание почетного члена Московской духовной академии.

С 26 октября 1905 года состоял председателем противостарообрядческого и противосектантского миссионерского комитета.

С 26 ноября 1909 по 23 января 1910 года временно управлял Донской епархией.

21 апреля 1910 года уволен на покой, согласно прошению, “по преклонности лет и слабости здоровья” с назначением управляющим Астраханским Покрово-Болдинским монастырем.

9 ноября 1913 года освобожден от управления Покрово-Болдинским монастырем и оставлен числе братии.

Скончался 2 мая 1914 года после продолжительной болезни. Отпевание совершил епископ Царёвский Иннокентий (Кременский) в сослужении членов духовной консистории протоиерея Н. Пальмова, И. Савинского, Т. Березина, о. ключаря свящ. Н. Боровкова, настоятеля монастыря игумена Василия, представителей городского духовенства и монашествующих обители. Погребен на монастырском кладбище.

Труды:

• О христианском девстве. // “Душеполезное чтение”. 1864, т. 2.
• Речь при сретении в Бозе почившего архипастыря, Высокопреосвященнейшего митрополита Филарета в Троице-Сергиевой Лавре, произнесенная в
  Троицком соборе 26 ноября 1867 г. “Моск. Вед.” № 263, 1 декабря 1867 г.
• Из истории религиозных сект в Америке, в 4-х кн. М., 1876-1885 (1-2 “Методизм”, 3 “Пресвитериане”, 4 “Церковь Епископальная”, 5
  “Конгрегационалисты”).
• “Жертва Истинному Богу по учению Слова Божия”. Новочеркасск, 1895.
• Любителям слова Божия на славянском наречии, опыт объяснения непонятных слов Библии. Новочеркасск, 1890 (1893?). (“Донские ЕВ”. 1890, 3).
• “Открытое письмо по вопросу об англиканской иерархии 1-е и 2-е”. “Богословский вестник” 1897, март, с. 543, июль, с. 68 (1, 3, III, 7).
• “Отпадение Западной Церкви от Восточной”. “Дон. Еп. Вед.” 1897-1899 гг.; Новочеркасск, 1899.
• Рационалистическое богословие пред судом православия. // “Донские ЕВ”. 1899; Новочеркасск, 1899.
• “Несправедливая укоризна”. “Богосл. Вестн.” март, с. 638.
• “История Вселенских соборов”. СПб., 1906; 2-е издание. Новочеркасск, 1906.