В миру Губин Феодор Дмитриевич, родился в селе Маковцах, Тарусского уезда Калужской губернии, в марте 1818 года в семье диакона.

Молодость его протекла в тяжёлом труде и нужде. Рано лишившись отца (умер в возрасте 45 лет от чахотки), он 16 лет своей жизни посвятил обучению, сначала в одном из духовных училищ в Калуге, с 1832 года — в Калужской духовной семинарии, а с 1838 года — в Московской духовной академии.

8 марта 1842 года до окончания курса постригся в монашество, 15 марта того же года хиротонисан во иеродиакона, а 28 марта — во иеромонаха.

21 сентября 1842 года иеромонах Феофилакт вступил на духовно-учебное поприще и 18 лет ревностно служил юношеству сначала в качестве преподавателя богословских предметов и инспектора в Олонецкой семинарии, с 3 мая 1850 года — ректора в Калужской семинарии, а с 1 декабря 1857 года — Волынской; во всех местах службы Феофилакт был в то же время и членом духовной консистории, и цензором проповедей, и благочинным монастырей.

В 1843 году он удостоен был степени магистра богословия, а в 1850 году возведён в сан архимандрита и был настоятелем в Покровском Лихвинском и в Загаецком монастырях.

В 1860 году архимандрит Феофилакт был вызван в Санкт-Петербург для исполнения чреды священнослужения и проповеди Слова Божия; здесь он присутствовал в духовной консистории и состоял членом комитета по преобразованию духовно-учебных заведений. 22 сентября 1860 года был избран, а 2 октября хиротонисан во епископа Старорусского, викария новгородского митрополита Исидора.

1 декабря 1862 года епископ Феофилакт был назначен самостоятельным епископом Кавказским и Черноморским. Годы, в течение которых он возглавлял Ставропольскую кафедру, завершили период первоначального обустройства церковных институтов на Северном Кавказе.

Ещё со студенческих лет Феофилакт тяжело болел — со временем у него развилась чахотка, ставшая причиной смерти в возрасте 55 лет. Непомерные труды по епархии, особенно после присоединения к ней казачьего духовенства Терской и Кубанской областей, истощили его силы: «Измерил я из конца в конец всю Россию. Теперь некуда ехать дальше могилы». Архиепископ Феофилакт умер в 6 часов вечера 11 мая 1872 года. Похоронен в крипте Казанского собора в Ставрополе.

Все последующие годы на могиле служились панихиды, а в 1912 году, в сороковую годовщину со дня его преставления, был поднят вопрос о канонизации.

При разрушении Казанского собора в 1930-х годах могила епископа Феофилакта была уничтожена. Летом 1991 года в Ставрополе на Крепостной горе начались раскопки, во время которых в южном приделе разрушенного собора были обнаружены останки епископа Феофилакта. 17 ноября 1991 года, впервые с 1917 года, в Ставрополе состоялся крестный ход от Крепостной горы к кафедральному собору Святого апостола Андрея Первозванного. Шествие с участием тысяч верующих возглавил митрополит Ставропольский и Бакинский Гедеон (Докукин). С той поры перенесённые останки епископа Феофилакта хранились в Андреевском соборе.

21 марта 2018 года после заупокойной литии был вскрыт ковчег с останками епископа Феофилакта. Врач судебно-медицинский эксперт В. Филиппов провёл предварительное освидетельствование, после чего они были переданы для изучения в бюро судебно-медицинской экспертизы.

27 ноября 2021 года митрополит Ставропольский и Невинномысский Кирилл освятил новую гробницу в Андреевском соборе и переложил в неё мощи епископа Феофилакта.