Духовные школы того времени находились в полном распоряжении епархиальных архиереев, от взглядов и вкусов которых целиком зависели и ход учения, и постановка учебно-воспитательного процесса. КДС в начале своего существования имела во главе известного архипастыря, митрополита Платона, любившего духовную науку, с теплым сердечным вниманием относившегося к духовным школам. Калужская семинария, как духовная школа Московской епархии, была подчинена надзору МДА, и потом ежемесячно предоставляла академическому начальству рапорты о ходе учения, а пред каникулами списки учеников с указаниями их успехов. Лучших из них переводили в МДА — с зачислением в различные классы — в зависимости от уровня знаний, показанных на академических испытаниях. От Академии КДС зависела также и в административном отношении — ректор первой ежегодно проверял семинарские приходно-расходные книги, а также назначал преподавателей для семинарии, которые большей частью и были выпускниками МДА.

Митрополит Платон лично заботился о материальном обеспечении новооткрытой семинарии. Кроме испрошенных у императрицы 300 рублей в год, он сам несколько раз высылал дополнительные средства. Так, в 1792 году — 50 р. из казны Перервинского монастыря, а в 1797 46 р. — проценты по государственному займу. Ремонт КДС хотя и производился из семинарских сумм, митрополит был этим недоволен: когда первый смотритель семинарии архимандрит Никодим в 1784 году показал в приходно-расходной книге истраченное из семинарской суммы значительное количество средств на ремонт семинарского здания, то митрополит Платон сделал следующее замечание: «а как усмотрено, что и некоторое строение и починка в строении употреблялись из семинарской суммы, то сего впредь не делать, а употреблять на то из … монастырской суммы, способствуя чрез то общей пользе и недостаткам семинарии». В качестве еще одного дополнительного источника средств на содержание КДС митрополит Платон определил также штрафные деньги со священнослужителей. Однако уровень их благочестия был еще высок, и за весь рассматриваемый период встречается только одно указание на штраф в 3 рубля, уплаченный благочинным г. Калуги, настоятелем Знаменской церкви о.Иоанном Григорьевым, за ложное показание на священника села Ахлебинина, якобы тот жаловался на сына своего, этого села дьячка Андрея, за непослушание и отлучки от церкви .

Главный надзор за семинарией вверялся настоятелю Лаврентьева монастыря, которому за это должны были платить 1 рубль в месяц, но в 1786 году он получил лишь половину суммы. За период с 1772 по 1799 год упоминаются два архимандрита Лаврентьева монастыря, бывших начальниками КДС — а именно: в 1772 — 1787 — Никодим, в 1787 — 1799 — Феофан. Управляли они семинарией на основании инструкции, данной первому начальнику КДС архимандриту Никодиму за собственноручной подписью митрополита Платона в 1779 году. Гласит она следующее: «Лаврентьевскому архимандриту Никодиму иметь смотрение над Калужской семинарией в том, чтобы учение происходило по утвержденному порядку. Надзирать за учителями, дабы в должности своей были рачительны и в школе, когда должно, а также и в церкви, в назначенные часы не отменно были; чтобы отпуск семинаристов в домы, также представления об исключении неспособных из семинарии были с рассмотрением его — архимандрита. сумму семинарскую принимать и содержать правящую префектовскую должность на определенные расходы, а чтобы оная порядочно была употребляема, архимандриту своим рассмотрением в оное входить.
ему же, архимандриту, наблюдать, чтобы бурсаки пристойно назначенной суммой содержаны были. вновь семинаристов набирать правящему префектовскую должность с ведома архимандрита.
Ему же, архимандриту, каждую треть экзаменовать семинаристов и каким кто окажется посылать рапорты. если бы по всему вышеписанному оказался бы в чем непорядок, то ему, архимандриту, все отвращать; иного подлежит увещанием исправлять, а если бы за всем тем, что оказалось, что он собою исправить не может, о том нам представлять».

Появление данной инструкции было вызвано тем, что обычно хорошо разбиравшийся в людях митрополит Платон, несколько ошибся, оставив начальником семинарии уже находившегося на должности настоятеля Лаврентьева монастыря архимандрита Никодима, человека старого монастырского уклада, почти не вникавшего в дела навязанной ему семинарии. Учебный процесс, по сути, шёл совершенно мимо него, а семинарская библиотека растеряла почти половину своего фонда. Тогда пропало 60 экземпляров «Грамматики» Лебедева, три «Катихизиса» митрополита Платона, двадцать «Алфабетов» и одна «Книжица рассудка человеческого» . Прибывшая в 1787 году комиссия не нашла ни книг, ни приходно-расходной документации, ни злого умысла со стороны о. Никодима. Тогда митрополит Платон перевел его настоятелем Лихвинского Доброго монастыря, а «смотрение» за семинарией поручил специально подобранному для этой цели игумену Феофану, назначенному также наместником Лаврентьева монастыря.

Семинарский храм и Троицкий собор (19 век)

В 1800 году Семинария из Лаврентьева монастыря была переведена в здание возле Троицкого собора, в котором до 1880 года помещался и архиерейский дом. В 1811 году там же была устроена церковь во имя Иоанна Богослова. Возникновением своим она была обязана еп. Феофилакту (Русанову): в то время в кафедральном соборе из-за его ветхости служб не было, и еп. Феофилакт предложил его разобрать, а материалы, иконостас и утварь отдать на устройство теплой церкви в Семинарском корпусе. В предложении об этом Св. Синоду он писал: «От сего для общества польза последует такова: когда теплая церковь при Семинарии устроится, тогда в зимнее время кафедрального собора священно церковнослужители могут в ней отправлять священнослужения, а начальствующие Семинарии и учители обязаны будут изъяснять в воскресные дни для пользы учащихся в Семинарии и посторонних лиц Катехизис и Священное Писание, а студенты богословия говорить проповеди». 28 января 1808 года Св. Синод разрешил осуществить замысел еп. Феофилакта, а в 1811 году церковь была уже готова. До 1852 года в ней зимой совершали богослужения архиереи, так как до того времени Троицкий собор был не отапливаемым. Ко времени построения церкви (1811 год) учащихся в Семинарии было уже до 900 человек. В 1800 году уже были открыты риторический и философский классы, а в 1802 году — богословский. Преподавателей в Семинарии было 9 человек. При еп. Евлампии (Введенском) было открыто и семинарское общежитие, но к 1809 году в нем проживало лишь 20 человек, остальные — на частных квартирах.

Здание семинарии (19 век)

Во время войны 1812 года, Семинария была эвакуирована в Орел, а в ее здании размещался военный лазарет. Несмотря на большое общее количество учащихся, выпускников старших классов было мало, так как почти никто до окончания полного курса и не доучивался. Потому еще долго даже священнические места не могли замещаться людьми с образованием, и преосвященным архиереям приходилось рукополагать полуграмотных наследников мест, не знавших даже основных догматов веры. Даже в самой Калуге до 20-х годов XIX века не было по настоящему образованных клириков, за исключением нескольких человек. Так, в 1826 году один диакон на экзамене у еп. Григория (Постникова) отвечал, что «Сын Божий не рожден», а один городской священник смешивал Сына Божия с Духом Святым и не имел понятия о Священном Писании, сознавшись, что «не знает истин христианских за обрабатыванием земли».

Положение переменилось после того, как семинария была отделена в Калуге от училища, и лишь окончившие ее могли надеяться на получение достойного места. Сам процесс отделения семинарии начался в 1810 году, когда еп. Евлампий (Введенский) отправил комиссию по монастырям епархии — с целью выяснить, где возможно разместить Духовное училище, чтобы разгрузить Семинарию. Комиссия, посетив Пафнутьев-Боровский монастырь, Лихвинский, Покровскй-Добрый, Мещовский Георгиевский для устроения училища избрала первый. А после Пасхи 1810 года оно было открыто. Преподавать в нем должны были городские клирики, причем плату (200 руб.) получал только префект, остальные же должны были исполнять свои обязанности «без жалования, а награду за сие ожидать от высшего духовного начальства епархии». Дальнейшие изменения произошли при еп. Евгении. В 1814 году с целью размещения училища за 71 000 руб. в Калуге был куплен дом Билибина, переделка которого длилась до 1840 года, переселение же училища в новое здание длилось еще пять лет.

Среди множества выпускников, вышедших из стен дореволюционной Калужской семинарии,  было немало известных в России людей — 16 епископов, среди которых наиболее известны следующие: Митрополит Иона (Васильевский), Экзарх Грузии; архиепископ Казанский Антоний (Амфитеатров); митрополит Санкт-Петербургский Серафим (Глаголевский); архиепископ Астраханский Тихон (Малинин), составитель «Толкования на послание Св. Апостола Петра», епископ Мелитопольский Кирилл (Наумов), автор первого в России труда о пасторологии, бывший долгие годы начальником Русской Духовной Миссии в Иерусалиме, Угличский епископ Амфилохий (Казанский), известный палеограф, епископ Астраханский Виталий (Борисов-Жегачев). Кроме архиереев, известны следующие выпускники Калужской семинарии: протопресвитер Иоанн Янышев, духовник императорской семьи, дворцовый протоиерей Н. А. Елеонский, проф. Санкт-Петербургской духовной академии И. А. Чистович, проф. Московской духовной академии М. И.Сабуров, профессор Киевской духовной академии Н. Л. Зайцев, ректор и профессор Петербургской Медико-хирургической академии Я. А. Чистович, той же академии профессор Н.И.Соколов, профессор Московского Университета М. М. Троицкий (психолог), того же университета профессор А.И.Чупров (экономист), профессор Петербургского университета В.Т. Покровский.

Революционные события 1917 года стали катастрофой для духовного образования в России. По богословским школам удар был нанесен уже на самом раннем этапе борьбы с Церковью. Декретом Совнаркома «Об отделении Церкви от государства и школы от Церкви», согласно которому: «преподавание религиозных вероучений во всех государственных и общественных, а также частных учебных заведениях, где преподаются общеобразовательные предметы, не допускается». По декрету от 2 декабря 1917 года о переходе духовно-учебных заведений в ведение бывшего министерства народного просвещения все семинарии, в том числе и КДС, были закрыты, а их имущество передано Наркомпросу.

Современный период.

Учебный корпус КДС 90-е годы

Начало возрождения Калужской духовной семинарии относится к 1992 г. В только что переданном государством Церкви здании бывшего дома ректора и инспектора Калужской семинарии по инициативе архиепископа Калужского и Боровского Климента открывается 3-х годичное Духовное училище. Поначалу оно размещалось в одном корпусе с Епархиальным управлением, но уже осенью 1993 г. возвращается здание бывшего семинарского лазарета, куда и переносится Духовное училище. В 1995 г. состоялся первый выпуск Училища. Примечательно, что на последнем курсе студенты Училища защищали дипломные работы, что в то время еще не практиковалось в духовных училищах и семинариях Русской Церкви.

11 октября 1996 г. постановлением Священного Синода Калужское духовное училище было преобразовано в Семинарию, а в 2000 году был осуществлен переход на пятилетний срок обучения. Учебный процесс начал осуществляться на основе разработанной Учебным комитетом Русской Православной Церкви программе семинарии с пятилетним сроком обучения. На базе Свято-Тихоновой пустыни Семинария открывает своё отделение заочного обучения.

Здание Заочного отделения КДС

В 2004/2005 учебном году, в связи с проводимой реформой духовного образования в Семинарии были образованы четыре кафедры: Библеистики, Богословия, Церковной Истории и Церковно-практическая. Позднее, через слияние, они были преобразованы в две.

С 2006/2007 учебного года введён преддипломный экзамен: студенты, подающие дипломные работу, должны сдавать экзамен по предметам той кафедры, к которой относится тема работы. Кроме того, во время защиты кроме отзыва руководителя учитывается так же и рецензия оппонента – преподавателя той кафедры, по которой защищается работа.

После избрания Предстоятелем Русской Церкви митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла учебные заведения Русской Церкви входят в болонский процесс, и в связи с этим в системе образования Русской Православной Церкви вводятся бакалаврские и магистерские программы. Повышены требования к письменным работам студентов Семинарии. Значительно изменилась также и материальная база Семинарии: оборудован новый административный корпус семинарии, в 2014 году открывается новое светлое и красивое общежитие для студентов.

В настоящее время профессорско-преподавательская корпорация семинарии успешно реализует образовательные программы бакалавриата (направления 48.03.01 «Теология» и «Подготовка служителей и религиозного персонала религиозных организаций») и магистратуры (направление 48.04.01 «Теология» профиль «Русская патрология XVIII – начала XX веков»). Качественный состав преподавателей семинарии: два доктора и 14 кандидатов наук.

На дневном отделении Калужской духовной семинарии проходят обучение 60 студентов, на заочном – 200. За период обучения семинаристы не только посещают лекции и работают на семинарских занятиях, но и проходят богослужебную (в Свято-Троицком кафедральном соборе, семинарском храме в честь апостола и евангелиста Иоанна Богослова, других храмах Калужской митрополии), педагогическую (трудятся вожатыми на базе православного молодёжного центра «Златоуст») и миссионерскую (преподают блок «ОРКиСЭ» в школах г. Калуги) практики. Также студенты КДС ведут активную общественную деятельность: участвуют в различных межвузовских конференциях, симпозиумах и форумах, значимых областных культурных мероприятиях.

Небесным покровителем КДС является святой апостол и евангелист Иоанн Богослов, потому день его памяти, 9 октября, является не только престольным, но и главным семинарским праздником. Традиционным стало проведение в этот день тожественного акта, на котором, в частности, общим голосованием студентов избирается лучший студент года.

В семинарии активно функционирует студенческий совет.

Калужская духовная семинария издаёт два регулярных научных журнала «Богословско-исторический сборник» и «Труды по русской патрологии», в которых публикуются научно-богословские труды преподавателей и студентов семинарии, а также сторонних авторов, желающих высказаться на страницах сборников по тем или иным вопросам богословия, истории, традиций Церкви, а также современным проблемам церковной и общественной жизни. Первый выпуск сборника «БИС» вышел в свет в 2003 году.

Студенты КДС в актовом зале

При семинарии действует Центр подготовки миссионеров и катехизаторов, занятия в котором ведут как преподаватели КДС, так и лекторы калужских вузов. Также в богословской школе преподают выпускники духовных академий, направленные по распределению Учебным комитетом при Священном Синоде для прохождения преподавательской практики.

В семинарии традиционно ведётся преподавание богословских, вероучительных, исторических, церковно-прикладных и гуманитарных дисциплин, а также древних и современных языков. Учебная программа рассчитана на пять учебных дней в неделю, по субботам учащиеся семинарии проходят богослужебную практику.

Значительное внимание уделяется общекультурному развитию студентов Семинарии. Кроме традиционных паломнических поездок по святым местам России, учащиеся посещают различные научно-исторические и архивные учреждения Москвы и других городов, музеи, концерты в филармонии, занимаются физкультурой и спортом, проводят организованный досуг в стенах самой Семинарии.

Выпускники современной Калужской семинарии трудятся в самых разных частях нашей страны, вплоть до восточных её рубежей. Немало бывших воспитанников несут различные послушания Матери-Церкви и за пределами России. Пять выпускников удостоились возведения в высший иерархический сан – стали епископами.