Родился 1 сентября 1763 в Калуге в семье причетника Василия Тимофеева, который был клириком Космодамианской церкви на Богоявленской улице Калуги, относившейся тогда к Московской губернии.

В 1775 году в Калуге открылась Калужская духовная семинария, куда и поступил 12 летний Стефан. В 1776 году как лучший ученик переведён митрополитом Московским Платоном (Левшиным) в Николо-Перервинскую семинарию с фамилией Глаголев. В январе 1779 году был направлен учиться в Троицкую семинарию в Троице-Сергиевой лавре с фамилией Глаголевский. Недолго учился в Филологической семинарии Ученого дружеского общества, основанного в Москве известными мистиками Николаем Новиковым и Иваном Шварцем. В 1783 году поступил в Славяно-греко-латинскую академию и одновременно посещал лекции в Московском университете.

В марте 1785 года начал педагогическую деятельность учителем Троицкой семинарии (в Троице-Сергиевой лавре).

В 1787 году определён учителем риторики в академии и академическим катехизатором.

2 декабря 1787 года принял монашеский постриг в академии (в Заиконоспасском монастыре).

С 21 августа 1790 года — префект; с 1791 года — цензор печатных книг.

12 февраля 1795 года возведён в сан архимандрита можайского Лужецкого монастыря и назначен членом Московской духовной консистории; в том же году вызван в Санкт-Петербург на чреду священнослужения и проповеди.

28 сентября 1798 года назначен ректором академии и настоятелем Заиконоспасского монастыря.

25 декабря 1799 года хиротонисан во епископа Дмитровского, викария Московской епархии митрополитом Платоном (Левшиным).

15 сентября 1801 года награждён орденом Святой Анны 1 степени.

29 января 1804 года назначен епископом Вятским и Слободским.

7 июля 1805 года переведён епископом Смоленским и Дорогобужским.

7 февраля 1812 года переведён в Минск с возведением в сан архиепископа. При нашествии Наполеона покинул свою паству и выехал в Смоленск. Когда же французы подошли к Смоленску, был вызван в Санкт-Петербург; с 1 января 1813 года — присутствующий в Св. Синоде. В качестве последнего подписал Синодальный доклад о лишении архиерейского сана и священства архиепископа Могилёвского Варлаама (Шишацкого), оставшегося с паствой в оккупации и присягнувшего Наполеону для сохранения православного духовенства и верующих от репрессий[источник не указан 2089 дней].

С 30 августа 1814 года — архиепископ Тверской и Кашинский, постоянный член Святейшего Синода и член комиссии духовных училищ.

С 15 марта 1819 года — митрополит Московский и Коломенский.

С 19 июня 1821 года, по смерти митрополита Михаила (Десницкого), — митрополит Новгородский, Санкт-Петербургский, Эстляндский и Финляндский и священноархимандрит Александро-Невской Лавры.

Скончался 17 января 1843 года. С 19 января гроб с телом почившего стоял в Троицком соборе Невской лавры; в воскресенье, 24 января, гроб был перенесён в Духо-Сошественскую церковь лавры, где архиепископом Варшавским Никанором (Клементьевским) была совершена заупокойная литургия; чин погребения возглавил митрополит Иона (Васильевский), бывший Экзарх Грузии (на покое с 5 марта 1832 года с жительством в Санкт-Петербурге); присутствовали император Николай I, наследник Александр Николаевич, великий князь Михаил Павлович и принц Петр Ольденбургский. Был похоронен в том же храме, у Царских врат, под местной иконой Спасителя.

Награждён орденами Святого апостола Андрея Первозванного (21 апреля 1823), Святого Владимира I степени (30 мая 1835), Святого Александра Невского (10 февраля 1816).

Труды:

• Исследование доказательств бытия Божия. М., 1789.
• Пастырское увещание по случаю холеры. СПб, 1831.
• Слово при вступлении в 1821 г. на СПб митрополию.
• Слово, сказанное в Библейском обществе в 1826 г.
• О младенчестве Иисуса (рукопись).
• Предупреждение относительно опасности от мистицизма.
• Слова и речи на разные случаи.
• Письма к митр. Филарету. (Письма дух. и светских лиц митр. Филарету).